高町奈葉（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年級學生，某日，在上學的路上，她同來自異世界米德其路達的尤諾（水橋香織 配音）相遇了。尤諾告訴奈葉，她正在尋找遺落人間的太古遺產“圣石之種”，這種珍貴的寶物蘊藏著巨大的能量，如果棄之不顧有可能在人間界造成巨大的破壞，接二連三的波折之后，奈葉成為了幫助尤諾回收種子的魔法少女，開始了一段充滿了危險和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水樹奈奈 配音）的金發少女出現在了奈葉的面前，她和奈葉一樣同為回收種子的魔法少女，也就是說，她們的關系是競爭者。奈葉能夠打敗這樣一位強勁的對手嗎？對于菲特來說，溫柔而又努力的奈葉又是一種怎樣的存在呢？